Vaasa mainitaan monessa kohtaan Suomen ja Natsisaksan kauttakulkusopimuksessa
Saksalaiset joukot nousivat maihin 21.9.1940 Vaasan satamassa ja marssivat seuraavava päivänä täyspakkauksissa halki kaupungin. Lisää joukkoja tuli kesään 1941 mennessä.
Saksalaisten joukkojen johdosta Vaasasta otettiin puhelu sisäministerille, joka ei tiennyt saksalaisista joukoista mitään. Sisäministeri oli sitten kääntynyt pääministeri Rytin puoleen, joka oli sanonut, että kaikki kunnossa saksalaisilla on saapumislupa. Eduskunta sai tietää asiasta vasta viikon päästä.
Kansa sai tiedon pienellä uutisella ja ilmankommentteja lehdissä. Tieto sakasalaistenjoukkojen saapumisesta oli kuin pommi eduskunnalle ja koko kansalle.
Salaisen sopimuksen olivat tehneet C. G Mannerheim, Risto Ryti, Rolf Witting ja Rudolf Walden. Silloinen presidenttikin Kyösti Kallio oli ulkona salaisesta sopimuksesta ja kun hän sai sen tietää sai halvauskohtauksen.
Saksalaiset saivat käyttöön rautatiekalustoa. Satamiin kuten Vaasan järjestettiin satama -ja paikalliskomendantit, erityiset vastaanotto -ja yhteyselimet upseerien johdolle, varattiin tulkkeja, varauduttiin huolehtimaan muonitustarpeesta mm.
Kauttakulkusopimuksessa Vaasa mainitaan usean kerran. Vaasan kaupungi oli siis näkyvällä tavalla osallisena saksalaisten joukkojen tuloon Suomeen, mutta tietämättään valtionpetoksesta ja vallankaappauksesta.